После подвига, который Балто совершил в первом фильме, он стал любимцем людей. Наш герой даже успел завести жену и стать папой шести пушистых щенков. Пятеро его детей очень быстро находят хозяев, а вот дочку Алу никто не хочет брать себе, поскольку она очень похожа на волка. Отец рассказывает дочке о своих волчьих генах, но Алу такая новость очень сильно пугает и она сбегает из дома. Балту приходится отправиться на поиски дочери, после встречи с которой им вместе предстоит пережить немало приключений, в том числе встречу с настоящими волками…