Жители города Нью-Йорк в опасности, так как здесь промышляет кровожадный Шреддер и его клан Футов. Они настолько запугали жителей города, что люди даже боятся покидать свои квартиры. Представители закона даже не пытаются противодействовать бандитам, так как они перешли на сторону зла. Единственно защитой и спасением Нью-Йорка становятся маленькие обитатели канализации – четыре верных друга черепашки-ниндзя, которые вместе с репортером Эйприл и ее оператором будут до последнего бороться за правду и справедливость.