После неожиданной высадки на острове Мадагаскар наши друзья начинают скучать по зоопарку в Нью-Йорке, а поэтому вместе с пингвинами ремонтируют потерпевшие крушение самолет. Взяв с собой на борт еще и короля лемуров вместе с помощником, они отправляются в путешествие… но в скором времени у них заканчивается горючее и самолет приземляется в Африке. Пока пингвины занимаются ремонтом самолета, друзья осознают, что попали домой, а лев Алекс даже обретает семью. Но совсем скоро у героев начнутся большие проблемы и много новых приключений.
