Фильм рассказывает о далеком будущем, в котором на Землю возвращается межгалактический корабль капитана Джеймса Т. Кирка. Команда корабля возвращалась домой с уверенностью, что родной планете ничто не угрожает, но по прибытию обнаруживает таинственное проникновение в Федерацию, полностью разрушенную изнутри. Как оказывается позже, хаос на Земле организовали агенты неизвестной организации, основная цель которой – уничтожить все живое на планете. Укомплектовав корабль всем необходимым, герои оправляются на поиски злодеев…
